Zwolnienie infrastruktury kolejowej z podatku od nieruchomości[1] w kształcie, w jakim obowiązywało w latach 2017-2021 było powodem wielu sporów o interpretację przepisów Ustawy o podatkach i opłatach lokalnych[2]. Organy podatkowe kwestionowały zakres zwolnienia uznając, że podlegają mu jedynie grunty bezpośrednio zajęte przez infrastrukturę kolejową, a nie całe działki ewidencyjne. Organy odmawiały również prawa do stosowania zwolnienia w odniesieniu do prywatnej infrastruktury kolejowej oraz zawężająco interpretowały przesłankę „udostępnienia” takiej infrastruktury, co w praktyce uniemożliwiało skorzystanie ze zwolnienia w przypadku przyzakładowych bocznic kolejowych. Jednak w każdym z tych przypadków sądy administracyjne w oparciu o wykładnię językową przepisów UPOL stawały po stronie podatników.

(Dalsza część artykułu pod materiałem wideo)

Zobacz film: Sporne środy: Jak skutecznie i bezpiecznie skorygować deklarację

Jak skorygować deklarację – webinar z cyklu Sporne Środy

Jak bezpiecznie skorygować deklarację podatkową i uniknąć ryzyka sankcji? Zobacz nagranie webinaru z cyklu Sporne Środy, w którym ekspertki CRIDO – Alicja Sarna i Aleksandra Plichta – wyjaśniają, kiedy i jak złożyć korektę, aby była skuteczna i nie rodziła negatywnych konsekwencji. Praktyczne wskazówki, aktualne schematy działań organów oraz przykłady z życia.

Ostatnią próbą podważenia zasadności stosowania zwolnienia było podnoszenie, że zwolnienie prywatnej infrastruktury kolejowej stanowi niedozwoloną pomoc publiczną. Ta linia obrony upadła z kolei po wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej[3] z 29 kwietnia 2025 r. sprawie C-453/23, o czym pisaliśmy na naszym Blogu.

Jak się jednak okazało, czeka nas jeszcze jedna runda sporów o zwolnienie kolejowe obowiązujące w latach 2017-2021, bowiem skład orzekający w sprawie o sygn. III FSK 1020/23 postanowieniem z 2 września 2025 r. przedstawił zagadnienie prawne do rozstrzygnięcia składowi 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego[4]. Zagadnienie jest następujące: „czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tj. Dz. U. z 2017 r., poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową?”.

Możemy zatem spodziewać się podjęcia niebawem uchwały, która może odwrócić dotychczasową linię orzeczniczą NSA na niekorzyść podatników i zawęzić stosowanie zwolnienia tylko do gruntów faktycznie zajętych pod infrastrukturę kolejową. Takie rozstrzygnięcie wpisywałoby się w występujący po wyroku TSUE trend do zawężania zwolnienia podatkowego przez NSA.

Istota sporu

Zakres zwolnienia infrastruktury kolejowej z podatku od nieruchomości w kształcie obowiązującym w latach 2017-2021 obejmował grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym (art. 7 ust. 1 pkt 1 UPOL). Odesłanie do przepisów o transporcie kolejowym oznaczało, że definicja infrastruktury kolejowej występująca w Ustawie o transporcie kolejowym[5] powinna być bezpośrednio stosowana również na potrzeby zwolnienia. A zgodnie z tą definicją występującą w Załączniku nr 1 do Ustawy o transporcie kolejowym za infrastrukturę kolejową uznaje się grunty, oznaczone jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11 Załącznika nr 1 (np. tory, perony, przejazdy kolejowe, rampy towarowe).

Wykładnia językowa prowadziła zatem do wniosku, że jeżeli na działce ewidencyjnej znajduje się np. fragment torów kolejowych wchodzących w skład bocznicy kolejowej, to cała powierzchnia działki ewidencyjnej podlegać będzie zwolnieniu z PoN. Takiej interpretacji nie podzielało wiele gmin, które wskazywały, że jedynie powierzchnia gruntu faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową może być zwolniona, a co więcej grunty niesklasyfikowane w ewidencji jako tereny kolejowe w ogóle zwolnieniu nie podlegają.

W tym sporze NSA stanął po stronie podatników i uznał, że za infrastrukturę kolejową należy rozumieć całą działkę ewidencyjną, na której znajdują się elementy infrastruktury kolejowej, bez względu na sposób zakwalifikowania jej w ewidencji[6].

Stanowisko NSA z jednej strony doprowadziło w praktyce do pewnych kontrowersyjnych przypadków, w których to działki o znacznej powierzchni - jedynie w nieznacznym stopniu zajęte pod infrastrukturę kolejową – podlegały w całości zwolnieniu z PoN. Z drugiej strony pogląd NSA rozwiązywał szereg praktycznych problemów związanych z mierzeniem powierzchni działek zajętych pod infrastrukturę kolejową. UPOL nie przewiduje bowiem w jaki sposób należy mierzyć powierzchnię części działki ewidencyjnej zajętą na dany cel.

Aktualność problemu

Na pierwszy rzut oka mogłoby się wydawać, że nawet zmiana opisanego powyżej poglądu nie będzie miała większego znaczenia w praktyce. Przepisy UPOL uległy zmianie od 1 stycznia 2022 r. i pozostały na dziś jedynie dwa nieprzedawnione okresy, do których stosuje się poprzednie brzmienie ustawy (2020 r. i 2021 r.).

Sytuacja nie jest jednak tak klarowna. Z uwagi na wieloletnie spory dotyczące niedozwolonej pomocy publicznej, rozstrzygnięte przez TSUE dopiero w tym roku, szereg spraw podatników zawisłych przed sądami administracyjnymi było zawieszonych. Od wielu lat czekali oni na rozstrzygnięcie o zasadności złożonych wniosków nadpłatowych, a teraz po długim oczekiwaniu może się okazać, że zasady zmieniły się „w trakcie gry”. Jeżeli uchwała NSA okaże się dla podatników niekorzystna, nadpłaty podatku mogą ulec istotnemu zmniejszeniu.

Dodatkowo organy podatkowe uzyskają argument do weryfikacji stosowania zwolnienia infrastruktury kolejowej przez podatników w latach 2020 i 2021.

[1] Dalej: PoN.

[2] Dalej: UPOL.

[3] Dalej: TSUE.

[4] Dalej: NSA.

[5] Dalej: UTK.

[6] Por. Wyrok NSA z 31.01.2019 r., II FSK 3032/18, ONSAiWSA 2020, nr 5, poz. 64.

Zapoznaj się z pełną ofertą: Postępowania podatkowe i spory sądowe