Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 29 stycznia 2020 r. (sygn. akt II FSK 529/18) rozstrzygnął niezwykle istotny dla podatników i samorządów spór dotyczący tego, w jaki sposób należy ustalać podstawę opodatkowania dla kompleksowych środków trwałych (środków trwałych, które wykazywane są w ewidencji środków trwałych, jako jednak pozycja, w ramach której mieszczą się budowle oraz inne obiekty).

Spór w opisywanej sprawie powstał na kanwie złożonego przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości. Podatnik wskazał, iż omyłkowo uznał za budowlę kompleksowy środek trwały (parking), który w istocie stanowi zespół różnych obiektów, z których jedynie niektóre stanowią budowle. Ponadto budowle w obrębie parkingu nie zostały wyodrębnione w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych spółki, jako samodzielne środki trwałe.

Podatnik stał na stanowisku, iż w przypadku kompleksowych środków trwałych stanowiących zespół różnych obiektów, z których tylko niektóre stanowią budowlę, podstawy opodatkowania nie powinna stanowić wartość początkowa kompleksowego środka trwałego, a wartość rynkowa poszczególnych budowli.

Stanowiska podatnika nie podzieliły organy podatkowe, przez co spór trafił do WSA w Gdańsku. Sąd w wyroku z dnia 13 czerwca 2018 r. (sygn. I SA/Gd 422/18) stanął na stanowisku, iż skoro wartość budowli została ujęta w wartości początkowej kompleksowego środka trwałego, to nie może budzić wątpliwości, że podatnik dokonywał odpisów amortyzacyjnych także od tej wartości początkowej – podstawę opodatkowania takich budowli stanowić będzie zatem ich wartość początkowa, którą należy wyodrębnić z łącznej wartości kompleksowego środka trwałego.

Ostatecznie spór trafił do NSA, który przyznał rację podatnikowi. W uzasadnieniu ustnym NSA wskazał, że wartość początkowa danego środka trwałego stanowi podstawę opodatkowania jedynie w przypadku, gdy środek trwały jest tożsamy z obiektem budowlanym. W ocenie NSA literalna wykładnia art. 4 ust. 5 UPOL prowadzi do wniosku, że jeżeli nie ma tożsamości pomiędzy budowlą lub jej częścią, będącą przedmiotem opodatkowania podatkiem od nieruchomości a środkiem trwałym, od którego dokonywane są odpisy amortyzacyjne, podstawę opodatkowania powinna stanowić wartość rynkowa.

Powyższy wyrok może mieć szczególne znaczenie w przypadku podmiotów wykazujących do opodatkowania podatkiem od nieruchomości kompleksowe środki trwałe, które jako podstawę opodatkowania przyjmują wartość początkową całego środka trwałego, choćby w istocie jedynie jego część stanowiła budowlę dla potrzeb UPOL.